L'auberge occupe deux maisons de trois étages érigées en 1830. Il s'agit de maisons urbaines typiques du XIXe siècle. Elles furent construites pour William Henderson, alors secrétaire de la Compagnie d'Assurance-Feu de Québec. Elles servirent de résidence à plusieurs notables jusqu'en 1958 et furent par la suite, transformées en hôtel. C'est depuis 1986 qu'elles portent le nom de l' Auberge St-Louis.